El Directorio de ENDE es el máximo órgano de definición de lineamientos estratégicos institucionales, de control y fiscalización. Está conformado por los siguientes miembros:
Ministro(a) de Hidrocarburos y Energías o su representante.
Ministro de Economía y Finanzas Públicas, o su representante.
Ministro de Medio Ambiente y Agua, o su representante.
Ministro de Planificación del Desarrollo, o su representante.

Presidente (Ministro de Hidrocarburos y Energía)
Representante del Ministerio de Economía y Finanzas Públicas
Representante del Ministerio de Planificación del Desarrollo
Representante del Ministerio de Medio Ambiente y Agua