El Directorio de ENDE es el máximo órgano de definición de lineamientos estratégicos institucionales, de control y fiscalización. Está conformado por los siguientes miembros:
Ministro de Hidrocarburos y Energías o su representante.
Viceministro de Electricidad y Energías Renovables o su representante.
Ministro de Economía y Finanzas Públicas o su representante.
Ministro de Planificación del Desarrollo y Medio Ambiente o su representante.
Ministro de Desarrollo Productivo, Rural y Agua o su representante.
Ministro de Obras Públicas, Servicios y Vivienda o su representante.
